(เนื้อเรื่องเดียวกันกับภาค 1 และ 2 โดยเอามาทำใหม่เป็นเดอะมูฟวี่ 3 ภาค) ปี 2018 เกิดสงครามแบ่งแยกตัวออกเป็นเอกราชจากบริททาเนีย ในสงครามพลเมืองต่อต้าน ครั้งนี้ถูกเรียกว่า ”Black Rebellion” แต่ผลลับของสงครามครั้งนี้คือความพ่ายแพ้ของ เหล่า “ภาคีอัศวินดำ” และ “ซีโร่” ก็หายสาบสูญ โดยบริททาเนียลงความเห็นว่า “ได้เสียชีวิตระหว่างการรบแล้ว” 1 ปีต่อมา ปี 2019 ผู้ก่อการร้ายที่นาม “ซีโร่” ที่น่าจะตายไปแล้วปรากฏตัวขึ้นและประกาศสร้าง “สหพันธ์ญี่ปุ่น” อีกครั้งใน Area11 บริททาเนียจึงพยายามทำทุกวิถีทางเพื่อจับกุมตัวซีโร่