13 ปีหลังจากเกิดสงคราม “จักรวรรดิซีออน” ที่กำลังอ่อนแอเนื่องจากเสียผู้นำไปจากการก่อกบฏ ได้รับความหวังอีกครั้งเมื่อ “ชาร์ อัสนาเบิ้ล” ซึ่งแท้จริงแล้วเขาคือ “แคสวัล เลม ไดคุน” ผู้สืบทอดของซีออนที่แท้จริงและได้นำ “กองทัพนีโอซีออน” บุกโจมตีโลกอีกครั้ง ทำให้ “อามุโร่ เรย์” ต้องเข้าสู่สมรภูมิอีกครั้งเช่นกัน