หลังจากสงครามที่กินเวลามาหนึ่งปีเต็มสิ้นสุดลง สมาชิกที่เหลืออยู่ของ “จักรวรรดิซีออน” ยังคงต่อสู้เพื่อความอยู่รอด ในช่วงสุดท้ายของสงคราม “ดาริล โลเรนซ์” นักบินฝีมือดีของฝ่ายซีออนก็ได้หายตัวไปหลังจากรับภารกิจสอดแนมพร้อมๆ กับที่วิศวกรผู้สร้าง “ไซโคซาคุ” ก็ได้หายตัวไปเช่นกัน ในขณะที่ “อิโอ เฟลมมิ่ง” ผู้มีส่วนร่วมในสงครามครั้งนี้ได้รับเลือกให้เป็นนักบินประจำหุ่นรบรุ่นทดลอง “แอตลาสกันดั้ม” และได้รับภารกิจให้ลงไปยังโลกที่หลังจากนี้จะกลายเป็นสนามรบแห่งใหม่