ส่วนต่อของเรื่อง อีวานเกเลียน จากการสู้รบระหว่างเทวทูตและมนุษย์ ระบบอีวาเริ่มไม่เสถียร เริ่มอาละวาดและกลุ่มผู้ก่อตั้ง เซเล่ ได้สูญเสียหอกพระเจ้า ลองกิวนุส แผนการพัฒนามนุษยชาติกำลังจะเริ่มต้นขึ้น หลังจากสูญเสียหอกลองกินุสไป ทางคณะกรรมการเซเล่ไม่สามารถจะใช้ลิลิธในแผนการได้อีกแล้ว ดังนั้นสิ่งที่มีสภาพเดียวกับลิลิธที่เหลืออยู่เพียงอย่างเดียวก็คือ " อีวาเกเลี่ยน 01 " ตัวเดียวที่สร้างมาจากลิลิธเท่านั้น เพื่อให้ได้สิ่งนี้มา เซเล่จึงต้องบุกยึดศูนย์บัญชาการใหญ่ของเนิร์ฟที่ญี่ปุ่น โดยขอความร่วมมือจากเนิร์ฟสาขาอื่นทั่วโลก