ในอนาคตอันแสนไกล ผู้รุกรานจากต่างโลกได้เข้าโจมตีโดยไม่มีการเตือนพร้อมกับภัยคุกคามใหม่ เป็นอาวุธที่เรียกกันว่า “สิ่งมีชีวิตจักรกล” (Machine lifeforms) การเผชิญหน้ากับภัยคุกคามซึ่งไม่สามารถเอาชนะได้ ทำให้มนุษย์ต้องถูกขับไล่ออกจากโลกของตัวเอง และอพยพไปอยู่บนดวงจันทร์ "สภามนุษยชาติ" (Council of Humanity) จึงได้ตั้งกลุ่มต่อต้านทหารแอนดรอยด์ขึ้นเพื่อทวงเอาโลกกลับคืนมา และเพื่อไม่ให้เกิดการหยุดชะงักในการส่งกำลัง กลุ่มต่อต้านจึงส่งแอนดรอยด์พลราบชนิดใหม่ลงไปในรหัส "YoRHa" เบื้องล่างของดินแดนที่ถูกทอดทิ้ง สงครามระหว่างเครื่องจักรกับแอนดรอยด์ยังคงดำเนินต่อไปอย่างเร่าร้อนและอีกไม่ช้า สงครามจะเผยให้เห็นข้อเท็จจริงที่ถูกหลงลืมมาเป็นเวลายาวนานของโลกใบนี้