(เหตุการณ์หลังจากภาค Extra Edition) หนึ่งปีผ่านไป หลังจากเกิดคดีใน Sword Art Online คิริโตะได้รับการไหว้วานจาก คิคุโอกะ เซจิโร่ แห่ง “กองเวอร์ชวล” กระทรวงกิจการภายในและการสื่อสาร ในการค้นหา “Death Gun” ที่อยู่ในโลกของ Gun Gale Online ซึ่งผู้เล่นใดก็ตามที่ถูกอวาตาร์ลึกลับยิงด้วยปืนสีดำจะต้องสูญเสียชีวิตในโลกแห่งความเป็นจริงไปด้วย คิริโตะเองไม่ได้ปักใจเชื่อว่าผลกระทบของโลกเสมือนจริงนี้จะส่งผลต่อชีวิตของผู้เล่นในโลกจริงได้ การเดินทางเพื่อตามหาเบาะแสของ “Death Gun” จึงได้เริ่มต้นขึ้น